2016年8月1日，時任總統蔡英文代表政府向臺灣原住民族正式道歉，坦承歷代殖民政權造成土地流失、文化斷裂、語言式微及傳統制度瓦解等歷史傷害，並成立「總統府原住民族歷史正義與轉型正義委員會」，開啟臺灣原住民族轉型正義的重要里程碑。原轉會做為政府與族人之間平等對話的平台，致力釐清原住民族土地、文化及語言等集體權利長期遭受侵害的歷史脈絡，並進行權利回復與法規建議。

原住民族轉型正義涵蓋個人權與集體權兩個層次：一是針對威權政府透過制度與政策對原住民族個人造成的人權侵害，如吾雍．雅達烏猶卡那（Uyongʉ é Yatauyungana，高一生）、樂信．瓦旦（Losing Watan，林瑞昌）等政治受難案件，著重於釐清真相、平復司法不法及名譽回復；二是處理土地、文化、語言、教育等集體權利長期受侵害的歷史問題，以落實聯合國原住民族權利宣言與國際人權公約之精神。而這些侵害是一種長時間、橫跨多個外來政權，從過去持續至今的一種結構性壓迫。

臺灣原住民族面對的歷史不正義，與歷來外來政權統治密切相關。自荷西、清領、日治至戰後，原住民族逐步被納入國家治理體系，土地與山林遭掠奪，部落自治被削弱，語言與文化亦因同化政策而流失，影響文化傳承、族群認同與發展。戰後，國民政府以「山地同胞」及「平地同胞」稱呼原住民族，將其納入大中華國族框架，忽視各族群文化差異，並視其為「野蠻、落後」，強行引入西方法律、文化與經濟制度，加劇文化斷裂與族群認同危機，使原住民族集體政治地位日益邊緣化，形成延續至今的結構性不正義。

威權統治時期，許多原住民族族人因思想、言論或政治案件遭逮捕、監禁，甚至失去生命。由於部落社會關係緊密，政治迫害的影響不僅及於個人，更波及家族與部落，造成人際關係破裂、族人噤聲、排擠與污名，甚至被迫離鄉，對部落發展及文化傳承影響深遠。

長期以來，原住民族在主流社會中失語，其生命故事鮮少走進大眾的視野裡。透過集體權利回復與個人政治案件平復，原住民族轉型正義得以更完整回應歷史不正義，促進社會大眾理解原住民族的生命經驗，共同邁向尊重人權、多元文化與族群共榮的未來。